16 июля 2008 года Следственный комитет при прокуратуре РФ объявил о завершении идентификации найденных в 2007 году близ Екатеринбурга останков подростка и молодой женщины. Три независимые группы исследователей доказали, что тела принадлежали цесаревичу Алексею и великой княжне Марии, детям Николая II. Результаты экспертизы оглашены в канун 90-летия расстрела царской семьи.
В 1991 году археологи и судебные медики, работавшие в Поросенковом логу, что в паре десятков километров от Екатеринбурга, нашли останки нескольких человек, предположительно Николая II, его жены, их детей и домочадцев. Потребовалось семь лет и не один скандал, чтобы доказать, что ученые действительно обнаружили захоронение последних царствовавших Романовых и их близких. Многочисленные экспертизы заняли семь лет, и их окончательные итоги были оглашены в 1998-м. Да, в Поросенковом логу находились кости Николая Александровича, Александры Федоровны, их дочерей Ольги, Анастасии и Татьяны и их домашних. Не хватало останков наследника престола Алексея и Марии Николаевны, третьей дочери императора.
Екатеринбургские краеведы из военно-исторического клуба "Горный щит" в 2007 году нашли в 65-70 метрах от уже известного царского "захоронения" еще одно, в котором удалось обнаружить несколько десятков фрагментов костей, пули, черепки от керамических сосудов. Антропологическая экспертиза показала, что останки принадлежали мальчику-подростку и молодой женщине, сосуды же некогда содержали серную кислоту. Поскольку оба захоронения находились рядом, то логично было предположить, что найдены останки Алексея и Марии. Однако ученые не стали торопиться с выводами, памятуя о том, какие громкие споры преследовали их в 1990-х, какие упреки на них сыпались из-за методов работы. В 2007 году были уже и хорошо оборудованные лаборатории, и опыт по проведению баллистических и прочих экспертиз, и возможность организовать независимые исследования.
Несмотря на все трудности (кости были в очень плохом состоянии: останки царских детей не только сожгли, но и облили кислотой), генетикам удалось получить необходимые для сравнительного анализа молекулы ДНК, точнее, митохондриальной ДНК, которая наследуется детьми от матерей. Результаты этого исследования указали на родство предполагаемых Алексея и Марии с Александрой Федоровной. Впереди у ученых еще одна экспертиза: так называемая прямая экспертиза ДНК, при которой будут сличать ДНК цесаревича и великой княжны с ДНК их отца, выделенной из его крови (на Николая было покушение в 1891 году, и платок с пятнами крови сохранился). Достоверно провести подобный анализ будет нелегко: ткань может быть сильно загрязнена. Но в помощь ученым послужат образцы крови ныне живущих родственников Николая Романова: по сведениям Следственного комитета, несколько человек дали свое согласие на участие в исследовании.
Кроме прямых - судебно-медицинских - доказательств у ученых, занятых идентификацией царских останков, есть и косвенные. В частности, в обоих захоронениях нашли совпадающие фрагменты одного и того же сосуда из-под кислоты. Баллистическая экспертиза подтвердила, что пули и в "большом", и в "малом" захоронениях были выпущены из одних и тех же пистолетов: "браунинга" 1900 года калибра 7,65 миллиметра и "браунинга" 1903 года калибра 9 миллиметров. Хорошим подспорьем ученым стала бы попытка идентифицировать останки врача Евгения Боткина, убитого вместе с Романовыми, по ДНК кого-то из его потомков. Но живущий в США внук доктора не согласился принять участие в исследовании.
Пока генетические экспертизы не завершатся, останки наследника и великой княжны не могут быть перезахоронены. Впрочем, спокойствие царской семье в ближайшие годы вообще вряд ли угрожает: глава российского императорского дома Мария Владимировна Романова продолжает добиваться реабилитации Николая II, Александры Федоровны и их детей в России. В 2007 году Верховный суд РФ отказался считать Романовых жертвами политических репрессий, но великая княгиня не собирается останавливаться.