В феврале 1904 года еще ничего не было потеряно. Пусть главные силы Тихоокеанской эскадры и были блокированы в Порт-Артуре хитрыми самураями, сама крепость еще не подверглась осаде. Российская империя хоть и была на пороге первой революции, тем не менее со скрипом начала раскручивать маховики своей военной машины. Особую надежду на перелом в войне внушало назначение на Тихий океан вице-адмирала Степана Осиповича Макарова, авторитет которого на флоте был непререкаем. И не только на российском флоте, но и на кораблях противника. Однако истории было угодно распорядиться так, что командовать кораблями адмиралу оставалось чуть более месяца. И флагманскому броненосцу Макарова предстояло скрыться от своих соотечественников в водах Желтого моря на сто лет.
Русско-японская война началась 27 января 1904 года (7 февраля по новому стилю) с атаки японских миноносцев на корабли Порт-Артурской эскадры (изначально Тихоокеанской, потом 1-й Тихоокеанской). В результате были серьезно повреждены два новейших русских броненосца - "Цесаревич" и "Ретвизан" - и крейсер "Паллада". Фактически, одним этим ударом Япония склонила чашу весов на море в свою пользу. Российской флот, и так крайне неудачно приписанный к Порт-Артуру, где после начала войны корабли оказались запечатанными, словно в бутылке, лишился главной ударной силы. Тем более, что командовал российскими кораблями не самый искусный флотоводец - Оскар Старк. Японский же флот вел за собой адмирал Хэйхатиро Того, к тому времени уже имевший солидный боевой опыт, а впоследствии прославивший свое имя победами над русскими, в частности, при Цусиме.
Старк, как и командир эскадры крейсеров во Владивостоке Николай Рейценштейн, проявлял мало инициативы, русские корабли практически не выходили в море, позволяя японцам закрепить свое преимущество. В этих условиях Петербург и обратился к опыту Макарова. 9 февраля вице-адмирал получил назначение в Порт-Артур и уже 24 числа того же месяца прибыл в крепость, еще связанную с метрополией железной дорогой. С собой Макаров привез рабочих с балтийских судостроительных заводов для ремонта кораблей эскадры и несколько вагонов запчастей и оборудования. В Порт-Артур с вице-адмиралом прибыл также Василий Верещагин - известный художник-баталист, за плечами которого уже были "творческие командировки" на Балканы и в Среднюю Азию, не желал оставаться в стороне от войны с Японией.
Новый командующий флотом, в которого свято верили и рядовые матросы, и офицеры, организовал регулярные выходы эскадры в море для производства маневрирования и стрельб. Один из пионеров минного дела, Макаров перекрыл порт-артурскую гавань минными заграждениями, проводя при этом и траление мин противника на внешнем рейде. Макаров лично выводил флот в море для отражения атак японских миноносцев и маневрирования. Флагманским кораблем 27 февраля он выбрал броненосец "Петропавловск".
Этот корабль, 1894 года постройки, имел водоизмещение в 11354 тонны, длину в 112 и ширину в 21 метр. Экипаж броненосца, с учетом прикомандированного штаба флагмана, насчитывал более 700 человек. Вооружение "Петропавловска" состояло из 56 пушек различного калибра и шести торпедных аппаратов. Максимальная скорость корабля составляла 16,86 узла. На Дальнем Востоке броненосец базировался с 1900 года, успев принять участие в подавлении боксерского восстания в Китае. К моменту спуска на воду "Петропавловск" был вполне современным кораблем, однако к началу русско-японской войны многие элементы его вооружения и бронирования успели устареть.
31 марта российский миноносец "Страшный", посланный из Порт-Артура в дозор, наткнулся на японские корабли, прикрывавшие постановку мин. Японцы атаковали и после упорного боя потопили "Страшный" (спаслось лишь пять человек экипажа), но на место его гибели Макаров уже повел броненосцы "Петропавловск", "Полтава" и четыре крейсера. Им удалось отогнать японцев но, поскольку к месту боя спешили главные силы эскадры Того, Макаров распорядился возвращаться в Порт-Артур. И в 9.43 его броненосец натолкнулся на мину. Взрыв в носовой части корабля привел к детонации боезапаса, после чего взорвались котлы и "Петропавловск", развалившись на две части, ушел под воду.
Мичман Иван Ренгартен, наблюдавший гибель броненосца с мостика шедшей следом "Полтавы", писал в своем дневнике: "Этой ужасной картины я никогда в жизни не забуду. Под правой скулой "Петропавловска" взорвалась мина, он сразу накренился и стал уходить носом в воду, над местом взрыва выкинуло громадное пламя и целую кучу дыма. После этого взрыва было слышно еще несколько, то взрывались котлы и зарядные отделения мин. Палуба мгновенно была объята пламенем. Трубы и мачты сразу куда-то исчезли, корма выскочила из воды, винт левой машины заработал в воздухе, люди падали кучами, многие падали в винт, и их размалывало на наших глазах. "Петропавловск" погружался быстро - через 2 минуты после взрыва его уже совершенно не было видно".
Вместе с вице-адмиралом Макаровым и сопровождавшим его Верещагиным погибли около 650 человек экипажа. Шлюпки с других российских кораблей подобрали 80 человек, включая командира корабля капитана 1-го ранга Николая Яковлева, а также двоюродного брата императора Николая II, великого князя Кирилла Владимировича, состоявшего при штабе Макарова начальником военно-морского отдела.
Конечно, не гибель Макарова и его флагманского корабля предопределила поражение России в войне. Однако с уходом вице-адмирала, смерть которого даже в Японии встретили траурными мероприятиями, на русском флоте не осталось флотоводцев подобного уровня. А штаб Императорского флота признал гибель Макарова потерей для всех флотов в мире.
"Петропавловск" затонул на расстоянии приблизительно 2,5 мили (4, 5 километра) от берега на глубине около 36 метров. Место затопления броненосца не было секретом для японцев. В 1909 году корпус корабля приобрел предприниматель Сакурая Цериносукэ. Сам броненосец был обнаружен на дне расколотым на две части, носовая часть лежала на ровном киле, а кормовая - перевернулась вверх днищем. Сакурая организовал водолазные работы, рассчитывая обнаружить судовую кассу и другие ценности. Ни того, ни другого на корабле не нашлось, однако были обнаружены останки русских моряков.
В частности, из кают по левому борту кормовой части броненосца на средней и нижней палубах были извлечены останки шести человек. Как сообщал в Санкт-Петербург российский консул в Дайрене (Дальний, Далянь) Вильгельм Траутшольд, Сакураи предложил передать останки вместе с некоторыми вещами, найденными там же, российским властям. Сакураи рассказал дипломату, что в первой обследованной им каюте находился прах, принадлежащий, судя по найденным при нем орденам и бумажнику с пачкой визитных карточек, начальнику штаба командующего флотом контр-адмиралу Михаилу Моласу. Также тела были обнаружены еще в трех офицерских каютах и в двух помещениях для экипажа. Позже спасшийся при взрыве "Петропавловска" капитан Яковлев подтвердил, что одни из останков принадлежат Моласу. Они, как и другие обнаруженные тела, были погребены в 1913 году на русском кладбище Порт-Артура.
Позже вставал вопрос о перевозе останков контр-адмирала в Россию, однако последовавшая затем Первая мировая война, революция и Гражданская война на долгие годы закрыли не только эту тему, но и вообще сделали неактуальными вопросы розысков и чествования кораблей и моряков царской России.
Только в 2000-х годах были предприняты новые попытки обнаружить "Петропавловск". Эти работы взял на себя поисково-исследовательский центра "Искра" Тихоокеанского флота РФ. Экспедиция "Искры", стартовавшая летом этого года, с 21 октября по 6 ноября вела поиски в районе Люйшуня (бывший Порт-Артур). Поисковиками был обнаружен металлический корпус длиной около 70 метров и шириной до 13 метров, который возвышается на два метра над морским дном. По описаниям, имеющимся в российских архивах, этот объект похож на останки "Петропавловска", который, как уже было сказано, в результате взрыва разломился на две части.
По мнению директора "Искры" Владимира Карташева, найденные остатки корпуса "на сто процентов" принадлежат "Петропавловску", однако окончательные выводы, в любом случае, можно будет сделать только после обработки всех собранных данных. По крайней мере, "Искра" уже успела зарекомендовать себя в качестве серьезной организации, обнаружив в 2006 году в Корейском проливе место гибели другого участника русско-японской войны, крейсера "Рюрик", погибшего в том же далеком 1904-м.