Неудачный ход войны на Дальнем Востоке заставил российское правительство пойти на мирные переговоры с Японией, однако результат их в итоге не устроил обе стороны. Япония не смогла добиться условий мира, на которые рассчитывала, Россия осталась недовольна тем, что уступила.
Для японских правящих кругов уже летом 1904 года, спустя всего несколько месяцев после начала военных действий, было очевидно, что государство не выдерживает длительной войны. Япония хотела быстрой победы, чтобы продемонстрировать всему миру возросшее могущество Империи восходящего солнца, а получила затяжную войну с противником, имеющим большой опыт войн на истощение. Порт-Артур уверенно держался, русская армия в Маньчжурии, несмотря на отдельные неудачи, заставляла платить за каждую версту продвижения фронта слишком большую цену. Японская экономика функционировала на заемные средства, и их постоянно не хватало.
В результате японское министерство иностранных дел еще летом 1904 года сформулировала список из 12 условий заключения мира. Министр Дзютаро Комура выдвинул следующие требования: уплата контрибуции, свобода действий в Корее, вывод русских войск из Маньчжурии с передачей Японии Ляодунского полуострова и части КВЖД от Харбина до Порт-Артура, а также Сахалина, право ловли рыбы в прибрежных водах России, беспрепятственное плавание японцев по Амуру до Благовещенска и превращение Николаевска, Хабаровска и Благовещенска в открытые для иностранцев порты.
Очевидно, что удовлетворить эти требования Россия смогла бы разве что после взятия японской армией Москвы. В августе 1904 года японский премьер Таро Кацура отменил последние три пункта. Но для России даже эти условия оставались совершенно неприемлемыми, тем более что японцы первое время, предлагая мир по дипломатическим каналам, настаивали на том, чтобы с мирной инициативой выступила Россия, поставив себя в положение побежденной стороны, просящей о мире. В результате предложения японцев Россия даже не рассматривала.
Мирные предложения поступали и осенью, а в январе 1905 года — уже от имени американского президента Теодора Рузвельта, но Россия не отвечала на поступавшие сигналы. В феврале и марте 1905 года через третьих лиц в Лондоне японцы вышли на русского агента Рутковского, но тому запретили какие-либо контакты с японскими дипломатами.
Чтобы сделать русских более сговорчивыми, японцы впервые в истории в ходе войны провели целую серию подрывных операций. Действовали через развитую агентурную сеть, созданную полковником Мотодзиро Акаси, который с 1902 года занимал должность военного атташе в Санкт-Петербурге и курировал японскую военную разведку. Первые попытки установить связи с российскими революционными партиями предпринимал еще предшественник Акаси — Танака Гиити, но именно Акаси разработал и реализовал план подрыва могущества России изнутри.
Японская разведка финансировала приобретение за границей оружия для русских революционеров и организовала ввоз его в Россию на пароходе «Джон Графтон». Пароход через посредников был куплен японцами в Англии, на него погрузили оружие для 14,5 тысячи боевиков. Груз предназначался боевым группам партии эсеров, а также революционерам-сепаратистам из Грузии и Финляндии. Пароход выгрузил часть оружия в Финляндии, после чего 7 сентября 1905 года сел на мель близ Якобстадта. Его команда скрылась. Такая же операция проводилась на Черном море пароходом «Сириус». Там все было организовано лучше, и, как сообщает русский историк Павлов, 6,5 тысячи винтовок с полутора миллионами патронов были успешно доставлены закавказским социал-демократам.
Полковник Акаси и японский консул в Одессе Кехитуро Ижима создали обширную агентурную сеть, которая, согласно данным японской историографии, обошлась Японии только за 18 месяцев войны в сумму более 600 миллионов рублей. Историк Инаба Чихару пишет: «В оперативных бумагах японского командования в Токио и Маньчжурии времен войны нам не удалось обнаружить каких-либо обобщающих оценок результативности работы Акаси и его агентуры в России. Однако тот факт, что даже в условиях жесточайших финансовых затруднений, которые испытывала Япония в те годы, Токио продолжал финансировать его осведомительскую сеть, говорит о многом».
К идее заключения мира японцы вернулись в конце мая 1905 года, сразу после Цусимского сражения, где беспримерная победа японского флота, продемонстрировав его высокие боевые возможности, фактически сыграла против интересов Японии. Поражение русского флота избавило западную элиту от мучившего ее уже 200 лет страха перед русской военной мощью. Если до этого политика великих держав всегда учитывала опасения Европы и США относительно чрезмерного усиления России, то теперь в схожем положении оказалась Япония.
Поражение в Цусимском бою и продолжающиеся революционные волнения изменили позицию России. 6 июня 1905 года военное совещание приняло решение о заключении мира с Японией. Предложение Рузвельта о посредничестве в мирных переговорах, переданное Николаю II 7 июня посланником США в Петербурге, было принято.
Местом переговоров был избран американский город Портсмут. Русскую делегацию возглавил Сергей Витте. Казалось, что расклад на политической доске не благоприятствует России. Японцы, несмотря на объявление мирных переговоров, оккупировали Сахалин. Япония располагала договорами с США и Англией, подтверждающими претензии Токио на Ляодунский полуостров и Корею. Русской делегации была дана инструкция, разработанная Николаем II и министром иностранных дел Владимиром Ламсдорфом, о допустимых уступках. Особо оговаривалась неприемлемость передачи Японии какой-либо части российской территории, уплаты контрибуции, ограничения морских сил на Дальнем Востоке и отказа от любой части КВЖД.
Витте перед поездкой консультировался с великим князем Николаем Николаевичем, который заверил его в том, что русская армия укрепилась, поставки пополнений и вооружения наладились в полном объеме, существенно усилилось техническое оснащение войск. Великий князь справедливо полагал, что в условиях финансового и мобилизационного истощения Япония более неспособна вести серьезные боевые действия, и поэтому победа в войне вполне реальна. Николай Николаевич оценил затраты на продолжение войны в миллиард рублей, а возможные потери — в 200 тысяч человек. В охваченной беспорядками России такой сценарий был вряд ли реализуем. Однако было понятно, что позиция Японии также крайне сложна.
Японскую делегацию возглавил барон Комура. Интересно, что в Японии должность главы делегации рассматривалась как будущая ритуальная жертва, поскольку в правительстве предполагали большое народное недовольство результатами переговоров — накачанное военной пропагандой японское общество выступало категорически против любых уступок и поддерживало самые грандиозные экспансионистские планы империи в Азии.
Витте начал с того, что решил изменить общественное мнение в пользу России. Если до этого очень влиятельная американская еврейская община была настроена решительно антирусски, то после встреч Витте с ее представителями настроение стало меняться. Позиция посредника — президента Рузвельта — также сместилась в сторону признания интересов России и опасений излишнего усиления Японии. В такой обстановке 9 августа начались мирные переговоры.
Требования Японии фактически повторяли максимально жесткую позицию, выраженную в «12 пунктах», но Комура заменил термин «контрибуция» на формулировку «компенсация военных расходов Японии». Витте в ответ повел сложную политическую игру, принципы которой описал следующими словами: «1) Ничем не показывать, что мы желаем мира, вести себя так, чтобы внести впечатление, что Государь согласился на переговоры, то только ввиду общего желания почти всех стран, чтобы война была прекращена; 2) держать себя так, как подобает представителю России, т.е. представителю величайшей империи, у которой приключилась маленькая неприятность; 3) имея в виду громадную роль прессы в Америке, держать себя особливо предупредительно и доступно ко всем ее представителям; 4) чтобы привлечь к себе население в Америке, которое крайне демократично, держать себя с ним совершенно просто, без всякого чванства; 5) ввиду значительного влияния евреев, в особенности в Нью-Йорке, и американской прессы (…) не относиться к ним враждебно».
Эта программа была выполнена: к концу августа русской делегации удалось решить почти все вопросы в пользу России. О контрибуции забыли, об ограничении русских военных сил и флота на Дальнем Востоке, выдаче судов в нейтральных портах даже не шло и речи. Спорным вопросом остался лишь Сахалин. Николай II 17 августа наложил резолюцию на телеграмме российского уполномоченного: «Ни пяди земли, ни рубля уплаты военных издержек». Этим указаниям строго следовал Витте. В советской и отчасти российской историографии общим местом стало обвинение Витте в готовности идти на любые уступки Японии ради заключения мира. Однако факты свидетельствуют об ином: переговоры велись очень жестко, и 19 августа Витте даже телеграфировал императору, что переговоры сорваны из-за непримиримой позиции сторон.
22 августа Теодор Рузвельт обратился к Николаю II с просьбой об уступке северной части Сахалина ради последней возможности заключения мира, так как он уже не видел иных способов договориться и иначе полагал переговоры сорванными. Русский император вновь отказался. В Петербурге 23 августа состоялась встреча Николая II с американским послом Дж. Мейером. Российский император твердо заявил: «Я предпочитаю временно лишиться территории, чем унизить страну уплатой контрибуции как побежденную нацию». Согласие же отдать уже оккупированную японцами южную часть Сахалина император дал «на том основании, что она принадлежит России только 30 лет, а потому на нее можно смотреть как на Порт-Артур, а не как на исконную русскую территорию».
После такого ответа Рузвельт сдался, фактически признав, что его роль посредника в вопросе выплаты контрибуции закончилась полным провалом. Он посоветовал японцам заключить соглашение, сообщив, что более выгодный условий они от России не добьются. Японское правительство на заседании в ночь с 27 на 28 августа решило, что в сложившейся военной и финансовой ситуации Японии необходим мир. Поэтому барону Комуре было поручено снять с обсуждения вопросы о контрибуции и Сахалине.
По условиям мира Россия уступала южную часть Сахалина Японии на условиях сохранения для русских судов свободного плавания по проливу Лаперуза и отказа японцев от использования этой территории в военных целях. Россия также признавала Корею сферой японского влияния, уступала Японии арендные права на Ляодунский полуостров с Порт-Артуром и Дальним, а также отдавала железнодорожную ветку на Ляодун. Фактически же японцы лишались военных преимуществ от приобретенной территории, а сам статус Южного Сахалина приобретал неопределенный характер, как этого и хотел русский император, говоривший, что «все, что было отдано на таких условиях, всегда можно вернуть».
Портсмутский мир был встречен с одобрением во всех странах, кроме России и Японии. Лишь недоброжелательно настроенная Англия была «удивлена» уступчивостью японского правительства. Барона Комуру в Японии объявили предателем, его встречала разъяренная толпа, и вскоре, по требованию общественности, Комура был отправлен в отставку. 5 сентября в Токио произошли массовые беспорядки с многочисленными жертвами. После подавления мятежа в Токио, беспорядки вспыхивали по всей стране, и уже в январе 1906 года правительство Таро Кацура ушло в отставку. В России уступка Южного Сахалина, пусть и совсем недавно присоединенной части острова на краю империи, также была воспринята болезненно, но на фоне продолжающихся внутренних беспорядков большая часть русского общества осознавала необходимость мира.
Показательно, что революционные партии, до этого критиковавшие царское правительство за ведение войны и требовавшие немедленно принять все условия Японии, немедленно обвинили кабмин в потере Южного Сахалина и антипатриотизме, призвав к вооруженным выступлениям.
Южный Сахалин был в итоге возвращен России уже по итогам Второй мировой войны — как и предсказывал Николай II.