Международный трибунал по бывшей Югославии в Гааге (МТБЮ) признал Младича виновным в военных преступлениях в Боснии. «Палата пришла к выводу, что против боснийских мусульман в Сребренице были совершены преступления, квалифицируемые как геноцид, преследования, истребление и насильственное перемещение», — заявил во время оглашения приговора председатель МТБЮ Альфонс Орие. Самого подсудимого в зале не было — его вывели за непристойное поведение. Младича обвиняли по 11 эпизодам, в том числе в геноциде и преступлениях против человечности, совершенных с мая 1992 по ноябрь 1995 года. По десяти пунктам генерал был признан виновным. По обвинению в геноциде боснийских мусульман и хорватов в 1992-м его оправдали.
В июле 1995 года сербские силы после пятидневного ракетного обстрела взяли город Сребреница, где находились многочисленные беженцы-мусульмане. Операцией по захвату Сребреницы руководил Младич. Мусульманские женщины и дети были немедленно депортированы на подконтрольную мусульманам территорию Боснии, а мужчины в возрасте от 12 (по другим данным — 14) до 77 лет задерживались и подвергались допросу на предмет причастности к военным преступлениям против сербского народа. Согласно ряду источников, под руководством генерала Младича войском Республики Сербской, полицией и другими сербскими вооруженными формированиями производились организованные массовые расстрелы схваченных мусульман. Они продолжались на протяжении нескольких дней в окрестностях Сребреницы. После этого Международный трибунал по бывшей Югославии (МТБЮ), созданный ООН двумя годами ранее, обвинил Младича в военных преступлениях, преступлениях против человечности и геноциде мусульманского населения Боснии. По утверждениям обвинителей, в течение пяти дней после взятия Сребреницы сербы уничтожили по меньшей мере 7,5 тысяч человек. Одним из доказательств совершенной сербскими военными расправы над безоружными мусульманами стала видеозапись расстрела, сделанная одним из его участников и опубликованная в 2005 году сербской правозащитницей Наташей Кандич.
Захоронения находили на протяжении нескольких лет. В частности, осенью 2007 года была обнаружена братская могила с останками 616 боснийских мусульман. Государственная комиссия по поискам пропавших без вести во время войны в Боснии и Герцеговине зарегистрировала 8,2 тысячи погибших; международный комитет Красного Креста — 7,8 тысячи; согласно данным разных организаций, число жертв в Сребренице достигает 10,7 тысячи.
Примечательно, что в 2011 году нидерландский суд возложил ответственность за гибель нескольких мусульман на голландский миротворческий батальон, поскольку военные выгнали с территории своей базы мусульман, фактически передав их в руки сербов и способствовав их гибели. Полковник Томас Карремантс солгал суду, утверждая, что не мог предугадать судьбы этих людей. Свидетели подтвердили, что он предвидел их гибель, но ничего не предпринял, чтобы этому помешать. Родственники жертв в Сребренице подали иск против Нидерландов, в котором требовали признать вину этой страны за произошедшее и выплатить компенсацию в размере 4 миллионов долларов. Иск был подан от имени организации «Матери Сребреницы». 27 июня 2017 года Апелляционный суд Нидерландов признал частичную ответственность своей страны за резню и постановил выплатить компенсацию родственникам 300 жертв.
Генерала также обвиняли в преступлениях, которые совершили военные формирования сербов под его командованием во время осады города Сараево в период с 1992 по 1995 годы. Судья Орие постановил, что Младич лично командовал артиллерией, обстреливавшей жилые районы города, указывая цели в жилых кварталах. Также считается, что во время блокады Сараева по приказу Младича избирательный огонь по жителям города вели снайперы, выбиравшие в качестве целей гражданских лиц, включая детей. Среди других обвинений, предъявленных бывшему генералу, — захват заложников из числа персонала ООН в мае и июне 1995 года. Младич, которому сейчас 75 лет, скрывался от международного трибунала в течение 16 лет. Он был самым разыскиваемым военным преступником на территории бывшей Югославии. Арестован в мае 2011 года в результате операции сербских спецслужб и выдан МТБЮ.
В 2009 году некоммерческая организация Strategic Marketing совместно с телеканалом Б92 провела опрос, в ходе которого участников спрашивали, готовы ли они предоставить информацию, необходимую для поимки Младича. Поводом для проведения исследования стало объявление посольством США в Сербии награды в размере 1,3 миллиона евро за любую информацию о его местонахождении. 65 процентов респондентов ответили, что не пошли бы на такой шаг никогда; 21 процент опрошенных затруднились ответить, и только 14 процентов согласились выдать генерала. Спустя два года после поимки Младича сербский Национальный комитет по сотрудничеству с МТБЮ провел еще один опрос, в результате которого выяснилось, что более трех четвертей сербов выступают против выдачи генерала Международному суду, 40 процентов участников исследования заявили, что Младич — не военный преступник, а герой.