Американские ученые из Abbott Laboratories впервые за 19 лет обнаружили новый штамм ВИЧ-1 (вируса иммунодефицита человека). Он относится к группе М, которая ответственна за более 90 процентов случаев инфекции у людей и является виновником глобальной пандемии. Исследователи утверждают, что повода для беспокойства нет, поскольку современное лечение эффективно против нового штамма. Однако появление все новых вирусов может потенциально затруднить их раннее выявление в организме человека.
Образец вируса CG-0018a-01 был впервые получен еще в 2001 году в Демократической Республике Конго при исследовании механизмов передачи ВИЧ от зараженной матери ребенку. Пока что он был обнаружен всего у трех человек за последние несколько десятков лет. Однако расшифровать полный геном штамма удалось лишь недавно с применением новых технологий секвенирования — метода, при котором определяется нуклеотидная последовательность ДНК.
ВИЧ-1 является наиболее патогенной для человека разновидностью ВИЧ. Он впервые описан в 1983 году, и все его разнообразие обнаруживается в Центральной Африке. У группы М до сих пор было известно 11 подтипов, обозначенных буквами от А до К, при этом некоторые их них являются продуктами рекомбинации (обмена генетическим материалом внутри зараженной клетки) между вирусами других подтипов. Новый штамм отнесли к новому подтипу L.
Новый образец эволюционно более близок к предковому вирусу штамма L, чем те два, что были выделены в 1983-м и 1990 годах и также предварительно отнесенные к штамму L. Согласно руководящим принципам, установленным Лос-Аламосской национальной лабораторией, для официального открытия нового штамма необходимо выделить именно три образца. Близость CG-0018a-01 к предковому штамму указывает на то, что среди населения Демократической Республики Конго могут циркулировать и другие, ранее неизвестные штаммы ВИЧ.
Открытие нового штамма и развитие технологий секвенирования ставят под вопрос существующие руководящие принципы касательно ВИЧ, разработанные еще в 1999 году. Увеличение скорости расшифровки генома и уменьшение стоимости метода могут изменить правило трех образцов, и для открытия нового штамма потребуется выделить большее количество вирусов одного подтипа. Проблема может возникнуть и с системой классификации, поскольку и группы, и подтипы обозначаются буквами латинского алфавита.
Считается, что первый ВИЧ-1 возник в конце XIX — начале XX века в Центральной Африке, на юге Камеруна. Изначально предковая форма вируса — SIV-cpz — циркулировала в популяции обыкновенных шимпанзе, но затем эволюционировала и несколько раз преодолела межвидовой барьер, породив опасные для человека группы M, N и О. Первые в истории заражения, скорее всего, происходили при неоднократных контактах охотников с зараженным мясом животных. Другим ключевым фактором распространения вируса мог стать колониальный захват европейскими странами территорий Африки, расцвет проституции среди аборигенок и небезопасные медицинские практики в период после Второй мировой войны.