Монах Савва, впоследствии причисленный к лику святых, с детских лет мечтал посвятить себя Богу. После долгих скитаний из монастыря в монастырь и пустынножительства Савва основал свой собственную лавру в Иудейской пустыне, над обрывом ущелья, в котором протекает ручей Кедрон. Это произошло около 484 года. Позже покровителем обители стал византийский император Юстиниан I (в его честь центральная сторожевая башня названа Юстиниановой). В VII веке насельником лавры был один из так называемых Отцов Церкви Иоанн Дамаскин. В 612 году лавру захватили персы царя Хосрова, которые тогда же взяли и Иерусалим.
Сейчас монастырь пребывает в юрисдикции Иерусалимской православной церкви, его настоятелем считается иерусалимский патриарх, непосредственно управляет жизнью лавры назначенный им архимандрит с двумя помощниками. Попасть в лавру можно в составе организованной паломнической поездки, либо прийти с экскурсионной группой: такие треки организуют несколько израильских гидов, в том числе, например, компания TravelLab, основательница которой Эйнат Кляйн хорошо знакома с архимандритом монастыря: если он не занят, может лично рассказать истории из жизни обители. Кроме лавры, участники трека посещают гору Азазель, упомянутую во многих религиозных текстах.