Новый транспортный ЭДО. Что грозит компаниям, не перестроившим документооборот

Какие именно документы стали критичными

Президент России утвердил Федеральный закон, вносящий изменения в 87-ФЗ. 

Документ вводит два новых требования для рынка грузоперевозок:

• создание обязательного реестра экспедиторов; 
• поэтапный переход на электронный документооборот. 

Часть требований вступила в силу уже в сентябре 2025 года, а полный переход на ЭДО станет обязательным с 1 сентября 2026 года.

Для бизнеса это вовсе не абстрактная цифровизация отрасли. И неважно, кто в компании отвечает за документооборот — финансовый директор, главный бухгалтер или сам предприниматель. Это прямой риск для налогового учета: без корректно оформленного электронного перевозочного документа транспортные расходы могут быть исключены из базы по налогу на прибыль, а вычет НДС — отклонен.

С 1 сентября 2026 года в электронный формат обязательно переводятся:

• транспортная накладная при автомобильных перевозках (ЭТрН);
• заявки и заказы на перевозку грузов автомобильным транспортом;
• экспедиторская расписка, складская расписка, поручение экспедитору;
• грузовая авиационная накладная;
• железнодорожная транспортная накладная.

Форматы документов утверждены приказом ФНС России. Все они передаются в ГИС ЭПД — Государственную информационную систему электронных перевозочных документов, которой управляет Минтранс России.

Работать с системой можно исключительно через аккредитованных операторов ЭДО. На сегодня их 39.

Для подписания используется усиленная квалифицированная электронная подпись (УКЭП) либо усиленная неквалифицированная подпись (УНЭП) через мобильное приложение «Госключ». 

Квалифицированная электронная подпись потребуется не только руководителю компании, но и каждому сотруднику, участвующему в подписании перевозочных документов: менеджерам по логистике, кладовщикам, экспедиторам.

Важно: до 1 сентября 2026 года бумажный и электронный форматы формально допускаются одновременно. Однако ФНС уже сейчас при проверках уделяет особое внимание корректности транспортных накладных. 

Ошибочно указанный грузоотправитель — достаточный повод для отказа в вычете НДС и исключения расходов из налоговой базы.

Реестр экспедиторов: уже работает

С 1 марта 2026 года на платформе «ГосЛог» начал функционировать реестр экспедиторов. 

Все компании и ИП, оказывающие транспортно-экспедиционные услуги, обязаны направить уведомление о включении в реестр в течение 60 дней — до 30 апреля 2026 года.

После этой даты работа без регистрации в реестре считается незаконной. За первое нарушение для юридических лиц предусмотрены штрафы от 100 до 300 тыс. рублей, за повторное — от 500 тыс. до 1 млн рублей. При этом исключение из реестра автоматически лишает компанию права оказывать экспедиторские услуги.

На практике это означает следующее: если ваши транспортные контрагенты-экспедиторы не зарегистрированы в «ГосЛоге», они фактически работают в «серой» зоне.

А значит, принятие расходов по таким операциям уже сейчас связано с налоговыми рисками — независимо от того, кто ведет учет: финансовый директор, бухгалтер или сам собственник.

Серые зоны: где проблемы возникают на практике

Контрагенты не готовы к ЭДО. Если перевозчик или экспедитор не подключился к аккредитованному оператору, с 1 сентября 2026 года оформить электронную транспортную накладную (ЭТрН) вместе с ним будет невозможно.

Нет документа — расходы оказываются под вопросом. Особенно это касается небольших региональных перевозчиков, которые пока откладывают подключение к системе.

Архив и хранение данных. По закону все договоры и документы по транспортно-экспедиционным операциям должны храниться на серверах, расположенных на территории РФ, не менее 3 лет после завершения перевозки.

Если логистические системы компании обрабатывают данные на зарубежной инфраструктуре, это становится отдельным фактором риска при налоговой проверке.

Перечень исключений еще не утвержден. Минтранс должен определить случаи, когда допускается использование бумажных перевозочных документов. Пока перечень не опубликован, по части операций сохраняется неопределенность — ее лучше заранее обсудить с налоговым консультантом, а не во время проверки.

Экспедитор в ЭТрН. Ранее экспедитор мог не указываться в электронной транспортной накладной как участник перевозки.

Новый закон делает его обязательным участником документа — при этом экспедитор должен быть включен в реестр «ГосЛог». Компаниям, работающим через экспедиторов, важно проверить соответствие контрагентов сразу двум требованиям.

Что компании сделать уже сейчас, чтобы снизить риски

Шесть практических шагов, которые помогут снизить налоговые риски до наступления обязательного дедлайна.

Провести аудит транспортных контрагентов

Проверьте, зарегистрированы ли экспедиторы в реестре «ГосЛог» и подключены ли к аккредитованному оператору ЭДО. Актуальный список операторов публикуется Минтрансом на официальном сайте.

Выбрать оператора ЭДО для своей компании

Важно, чтобы оператор поддерживал интеграцию с ГИС ЭПД, куда автоматически передаются подписанные электронные документы на перевозку.

Оформить сотрудникам электронные подписи

Квалифицированная электронная подпись потребуется менеджерам по логистике, кладовщикам и экспедиторам — всем участникам процесса подписания. Водителю электронная подпись не нужна: со стороны перевозчика документ подписывает уполномоченный сотрудник компании.

Актуализировать договоры с перевозчиками и экспедиторами

Добавьте условия об обязательном использовании ЭДО, ответственности за корректность электронных документов и порядке работы с ГИС ЭПД.

Проверить учетные системы

Они должны интегрироваться с оператором ЭДО, обеспечивать хранение данных в соответствии с российским законодательством, размещать архивы на серверах в РФ и формировать ЭТрН в форматах, утвержденных ФНС.

Обучить персонал

Переход на ЭТрН — это не только ИТ-изменение, но и новый операционный процесс сразу для нескольких подразделений:

1. Кладовщик, принимающий груз, должен уметь подписывать документ в системе, а не на бумаге.
2. Бухгалтерии предстоит перестроить порядок сверки перевозочных документов со счетами-фактурами.
3. Юристам и закупкам нужно обновить шаблоны договоров с перевозчиками и экспедиторами. 

Компании, начавшие подготовку сейчас, к 1 сентября уже сформируют устойчивый документооборот — и не окажутся перед неприятным выбором: срочно менять всех контрагентов или получать налоговые доначисления.