Режиссера признали виновным в мошенничестве в особо крупном размере — суд постановил, что он организовал хищение бюджетных средств, выделенных на реализацию проекта «Платформа». Приговор был вынесен в Мещанском суде, возле которого во время вынесения приговора собралась толпа. Других фигурантов дела — Алексея Малобродского и Юрия Итина — также признали виновными в мошенничестве. Суд оправдал обвиняемую Софию Апфельбаум, бывшую чиновницу Министерства культуры России — ее признали виновной только в халатности, постановив, что она ничего не знала о мошеннической схеме. Серебренникова, как и Итина, приговорили к трем годам условного заключения, Малобродского — к двум годам условно. Апфельбаум назначили штраф, однако сняли с нее обязательство его оплачивать из-за истечения срока давности дела.
По версии прокуратуры, обвиняемые нанесли государству ущерб в 128 миллионов рублей — они якобы завышали стоимость спектаклей, проводимых в рамках проекта «Платформа». Хищения проходили под покровительством Софии Апфельбаум, занимавшей пост директора департамента государственной поддержки искусства и народного творчества Минкульта России. Средства на реализацию проекта выделялись из государственного бюджета. Деньги, по словам стороны обвинения, обналичивались с ведома Серебренникова.
На проект «Платформа», который реализовала руководимая Серебренниковым «Седьмая студия», из федерального бюджета было выделено 216 миллионов рублей. Изначально силовики говорили о хищении 200 миллионов, после чего сумма снизилась до 68 миллионов. Первая судебная экспертиза по уголовному делу оценила ущерб в 133 миллиона рублей, вторая установила, что подсудимые, наоборот, сэкономили бюджетные деньги. Третья экспертиза оценила ущерб в 128 миллионов рублей.
Прокурор запросил для Серебренникова шесть лет лишения свободы и штраф размером 800 тысяч рублей. По версии следствия, Серебренников организовал хищение казенных средств вместе с продюсерами Алексеем Малобродским и Юрием Итиным, а также бывшей сотрудницей Минкультуры Апфельбаум. Для них прокурор запросил от четырех до пяти лет лишения свободы. Никто из обвиняемых вины не признал.
В марте 2011 года президент России Дмитрий Медведев встретился с деятелями культуры в Мультимедиа Арт Музее. Тогда Серебренников предложил создать проект, который популяризовал бы современное искусство и поддерживал молодых, но известных культурных деятелей. «Платформа» стала площадкой для новаторских идей и творческих экспериментов. За время существования проекта, если учитывать гастроли и сторонние мероприятия, для которых «Платформа» предоставляла площадку, было проведено 340 мероприятий. Проект проводился на базе автономной некоммерческой организации «Седьмая студия», которую Серебренников учредил в 2012 году специально для его реализации. В организацию вошла актерская труппа, сформированная на основе актерско-режиссерского курса Серебренникова в Школе-студии при Московском Художественном театре (МХАТ). «Седьмая студия» стала одной из групп-резидентов «Гоголь-центра», худруком которого Серебренников был назначен в 2012 году.
Средства перечислялись на основании соглашения между АНО «Седьмая студия» и Министерством культуры, субсидии были безвозмездными и безвозвратными. Тратить деньги можно было только на покрытие расходов «Седьмой студии», связанных с реализацией «Платформы». За время существования проекта у ведомства претензий к нему не возникало. Куратором между Минкультом и «Седьмой студией» выступала София Апфельбаум, которую следствие обвиняет в соучастии в мошеннической схеме.
Утром 23 мая 2017 года к Серебренникову пришли с обыском. Следственные мероприятия также провели в «Гоголь-центре». Тогда представители СКР говорили об уголовном деле о хищении 200 миллионов рублей. В Следственном комитете заявили, что кто-то из руководства автономной некоммерческой организации «Седьмая студия» в течение трех лет (с 2011-го по 2014 год) похитил бюджетные средства, выделенные государством в соответствии с постановлением правительства на развитие и популяризацию искусства России. Тогда Серебренников проходил по делу в качестве свидетеля.
Нина Масляева, работавшая в организации Серебренникова бухгалтером, была арестована через неделю после обысков у режиссера. «Деньги, которые мне предъявляют, я не брала», — заявила тогда она. Сообщалось, что следователи тогда утверждали о преступном сговоре Масляевой и бывшего гендиректора компании «Седьмая студия» Юрия Итина — якобы в 2014 году они похитили 1,2 миллиона рублей из 66,5 миллиона рублей, выделенных государством на постановку спектаклей, проведение семинаров, творческих лабораторий, организацию гастролей. Итин был отправлен под домашний арест.
19 июня 2017 года в Москве был задержан бывший директор «Гоголь-центра», бывший генпродюсер «Платформы» Алексей Малобродский. Тогда организатором мошеннической схемы называли именно его. Малобродский был арестован 21 июня — его заключили под стражу, не возбудив уголовное дело, о чем позже заявили в прокуратуре.
9 августа Масляева, все это время находившаяся под арестом, заявила о создании «Седьмой студии» для хищения бюджетных средств. По ее показаниям, Серебренников создал эту организацию для того, чтобы украсть деньги, выделенные на развитие современного искусства в России. Из них следует, что «Седьмая студия» занималась отмыванием денег, и в ней была черная касса. Организатором она назвала именно Серебренникова — тот якобы разработал план для хищения средств, выделенных на проект «Платформа». «Серебренников и Малобродский обналичивали средства с моей помощью», — заявила Масляева. Позже благодаря ее показаниям сумма ущерба выросла с 68 миллионов до 133 миллионов рублей. Еще одна сотрудница «Седьмой студии», бывший бухгалтер Лариса Войкина, которая проходит по делу свидетелем, на суде заявила, что Серебренников лично дал распоряжение об уничтожении финансовой документации «Платформы».
В конце августа 2017-го худрука «Гоголь-центра» задержали как подозреваемого в деле о хищении бюджетных средств. Он в то время находился в Санкт-Петербурге, снимал фильм «Лето» о Викторе Цое и Майке Науменко. Режиссера доставили в Москву. Серебренникова назвали организатором мошеннической схемы, сумма хищения тогда оценивалась Следственным комитетом в 68 миллионов рублей. Он провел ночь в СИЗО, после чего его отправили под домашний арест.
Екатерина Воронова, работавшая генпродюсером «Седьмой студии» после того, как Малобродский стал директором «Гоголь-центра», уехала из России еще до возбуждения дела и не вернулась. В опубликованном изданием «Медуза» письме она заявила о своей невиновности и о том, что в работе «Седьмой студии» было много бухгалтерских нарушений, однако никаких хищений быть не могло. Воронова была заочно арестована и объявлена в международный розыск.
В апреле 2019-го ему изменили меру пресечения на подписку о невыезде. Аналогичное решение было вынесено в отношении бывшего генерального директора «Седьмой студии» Юрия Итина и директора Российского академического молодежного театра Софьи Апфельбаум. Малобродскому меру пресечения на подписку о невыезде изменили еще в мае 2018-го по состоянию здоровья и с учетом возраста.
Серебренников успел выпустить фильм «Лето» о Викторе Цое, который стал лидером по числу номинаций на российскую кинопремию «Ника» и победил в четырех («Лучшая режиссерская работа», «Лучшая работа режиссера монтажа», «Лучшая работа звукорежиссера» и «Открытие года») из 12 категорий. Фильм попал в программу Каннского кинофестиваля, где получил приз за лучший саундтрек. Серебренников получил три «Золотые маски» (за постановки «Чаадский», «Маленькие трагедии» и балет «Нуреев», также удостоенный награды международного балетного фестиваля «Бенуа де ла данс»), стал человеком года по версии Ассоциации театральных критиков и лауреатом премии «Европа — театру». Пока режиссер находился под домашним арестом, в Ростове-на-Дону скончалась его 83-летняя мать.