Ученые в США обнаружили новый механизм, участвующий в заражении SARS-CoV-2 человеческих клеток. Оказалось, что у S-белка по краям находятся гликаны — молекулы, которые функционируют как отпирающий механизм для «ворот», способствующих инфицированию. Об этом сообщается в статье, опубликованной в журнале Nature Chemistry.
Исследователи с помощью суперкомпьютеров смоделировали, как функционирует молекулярный механизм взлома клетки. Гликан N343 переключает рецептор-связывающий домен (RBD) S-белка в открытое положение. Если же гликановый «лом» заблокировать в закрытом положении, то это предотвратит проникновение коронавируса в клетку. Таким образом, «N343» является своего рода стержнем, который перемещает RBD из положения «вниз» в положение «вверх», обеспечивая доступ к рецептору ACE2 клетки-хозяина.
Компьютерное моделирование сначала проводилось на Comet в Суперкомпьютерном центре в Калифорнийском университете в Сан-Диего, а затем на Longhorn в Техасском центре передовых вычислений в Остине. Такая вычислительная мощность позволила исследователям проанализировать функционирование RBD на атомарном уровне с более чем 300 точек зрения.