Справку Центризбиркома о порядке подсчета голосов опубликовало Федеральное агенство новостей. В соответствии со статьей 56 Федерального закона о выборах, подсчет голосов избирателей начинается сразу после окончания голосования и проводится до установления итогов без перерыва. Неиспользованные или испорченные бланки члены избирательной комиссии в присутствии наблюдателей подсчитывают и погашают, отрезая левый нижний угол бюллетеней. Затем результаты подсчетов оглашают и заносят в протокол для голосования.
На каждую страницу списка избирателей вносятся данные о числе избирателей в списке, числе бюллютеней, выданных избирателем, число бюллютеней, выданных тем, кто проголосовал вне помещения для голосования, число досрочно проголосовавших избирателей, число открепительных удостоверений (выданных тем, кто не может проголосовать), число избирателей, проголосовавших по открепительному удостоверению.
После этого председателем или секретарем избирательной комиссии должно быть обеспечено хранение списка избирателей, исключающее доступ к нему лиц, участвующих в подсчете голосов.
Непосредственный подсчет голосов избирателей проводится в присутствии наблюдателей в специально отведенных местах. При этом все действия членов участковой избирателеной комиссии должны быть видны.
Для начала комиссия референдума отделяет избирательные бюллетени от бюллетеней неустановленной формы, которые при подсчете голосов не учитываются. Подсчет ведется таким образом, чтобы не нарушилась тайна голосования.
В случае обнаружения в ящиках большего числа бюллетеней, чем зафиксировано избирателей, все бюллетени признаются недействительными. Бюллетени сортируются по голосам, поданным за каждого из кандидатов, а также по голосам, поданных против всех кандидатов. При сортировке члены участковой избирательной комиссии оглашают всем присутствующим содержащиеся в бюллетене отметки избирателя. Данные заносятся в протокол.
Недействительные бюллетени регистрируются отдельно. Недействительными считаются те бюллетени, по которым невозможно установить волеизъявление избирателя. В случае возникновения сомнений комиссия решает вопрос голосованием. При этом на оборотной стороне бюллетеня указывается причина его недействительности. Количество таких бюллетеней заносится в протокол. После этого с рассортированными бюллетенями визуально знакомятся все члены комиссии и наблюдатели. Затем производится проверка контрольных соотношений данных, внесенных в протокол в об итогах голосования. В случае, если контрольные соотношения не совпали, комиссия принимает решение о дополнительном подсчете.
Протокол об итогах голосования заполняется в трех экземплярах и подписывается всеми присутствующими членами комиссии с проставлением даты и времени его подписания. Не допускается заполнение протокола карандашом и внесение в него каких-либо изменений. После подписания протокола наблюдатели могут потребовать для себя его копию.
Первый экземпляр протокола незамедлительно отправляется в вышестоящую избирательную комиссию. К первому экземпляру прилагается особое мнение членов комиссии и поступившие жалобы на нарушение закона о выборах, а также принятое по указанным жалобам решение. Второй экземпляр протокола, бюллетени, а также печать участковой избирательной комиссии хранятся ее секретарем до окончания работы комиссии. Третий экземпляр протокола вывешивается для всеобщего обозрения.
Итоги голосования, полученные с помощью сканеров и других технических средств, являются предварительной, не имеющей юридической силы информацией (в некоторых округах Москвы использование сканеров в предстоящих выборах разрешено ЦИК в виде эксперимента - дополнение ФАН).
Данные протокола об итогах голосования могут передаваться в электронном виде по каналам Государственной Автоматизированной Системы "Выборы" в вышестоящую избирательную комиссию.