Новости партнеров

Биохимические пути привели в Википедию

Скриншот главной страницы базы данных WikiPathways

В интернете появилась база данных WikiPathways, содержащая информацию о биохимических путях организмов, организованная по принципу Википедии. На данный момент в WikiPathways представлены 549 путей для семи организмов: человек (Homo sapiens), серая крыса (Rattus norvegicus), мышь (Mus musculus), муха-дрозофила (Drosophila melanogaster), нематода (Caenorhabditis elegans), пекарские дрожжи (Saccharomyces cerevisiae) и рыба полосатый данио (Danio rerio).

Группа биоинформатиков, создавшая базу данных WikiPathways, использовала стандартную программную часть Википедии и специально разработанные алгоритмы для "рисования" моделей биохимических путей. Поиск в WikiPathways можно вести по названию того или иного биохимического пути, названию гена или белка или ключевым словам.

Как и в Википедии, зарегистрированные пользователи могут редактировать контент, добавлять к нему информацию или создавать новые страницы.

Это не первый биоинформатический инструмент, созданный разработчиками WikiPathways. В 2001 году они создали программу Gene Map Annotator and Pathway Profiler (GenMAPP), которая позволяла вычленять основные направления в сложных биохимических путях. Программа активно использовалась, однако пользователи редко посылали созданные с использованием их данных схемы обратно. Поэтому было принято решение создать базу по принципу Википедии, которая предусматривает постоянное увеличение количества содержащейся информации самими пользователями.

В последнее время формат Википедии стал очень популярен среди биоинформатиков. Так, несколько месяцев назад была создана база WikiGene, содержащая информацию о генах человека. Принцип Википедии используется также в базе Protein Data Bank Wiki - "хранилище" трехмерных структур молекул белков и нуклеиновых кислот) и еще нескольких менее популярных базах.