Исследователи из Великобритании разработали метод ПЦР-тестирования, который позволяет точно выявлять различные варианты SARS-CoV-2 даже в образцах с разрушенной РНК вируса. Описывающий новую методику препринт опубликован на medRxiv.org.
Разработанный учеными из Оксфордского университета и Имперского колледжа Лондона метод аллель-специфической зондовой ПЦР (АСП-ПЦР) позволяет в реальном времени обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с низким содержанием вирусной РНК, что характерно для пациентов с COVID-19 на поздних стадиях. Исследователи протестировали свой способ на 1082 образцах, взятых у участников клинических исследований в Великобритании и Бразилии, и сравнили с результатами секвенирования образцов 1771 пациента.
Чувствительность АСП-ПЦР для альфа-варианта составила 98 процентов, а специфичность — 100 процентов. Помимо этого, для гамма-варианта эти показатели составили 90-95 и 91-100 процентов соответственно. Сравнение результатов нового метода с данными секвенирования нового поколения показало, что точность первого на 25 процентов выше. Когда с помощью АСП-ПЦР удалось определить принадлежность 95 процентов образцов с разрушенной РНК, секвенирование позволило это сделать лишь для 11 процентов таких образцов. Разработчики подчеркивают, что их метод легко модифицировать для выявления новых, неизвестных сейчас вариантов SARS-CoV-2.