Стали известны подробности преобразований, произошедших в ФСБ рамках административной реформы, завершилась. Как сообщается на сайте ежедневной газеты "Коммерсант", в ходе реформы глава ФСБ Николай Патрушев лишился семи заместителей (их осталось четыре вместо прежних 11), а вместо шести департаментов в ФСБ было образовано восемь служб. При этом во всем ведомстве произошли крупные кадровые перестановки,.
Теперь ведомство подразделяется на пограничную службу, службу контрразведки, службу экономической безопасности, научно-техническую службу, службу организационно-кадровой работы, контрольную службу, службу анализа, прогноза и стратегического планирования и службу по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом. Следственное управление ФСБ, хотя и не стало отдельной службой, сохранило самостоятельность и, вопреки ходившим слухам, не было включено в состав следственного комитета при МВД.
Появилась в ФСБ появилась и новая структура: в составе службы по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом образовано управление по борьбе с международным терроризмом. Его возглавил генерал-майор Юрий Сапунов, служивший до этого начальником управления ФСБ по Астраханской области.
А самые серьезные преобразования затронули пограничную службу. Ее начальнику генерал-полковнику Владимиру Проничеву удалось сохранить за собой пост первого замдиректора ФСБ, но из состава службы были выведены военно-строительные организации и тыловые органы, ранее входившие в погранвойска. Теперь все заказы ФСБ на строительство выполняет Минобороны, а на тыл вооруженных сил возложено снабжение пограничников в регионах.
С 2006 года тыловое обеспечение ФСБ должно полностью отойти к единой унифицированной системе тылового обеспечения силовых ведомств. Кроме того, ФСБ пошла по пути разукрупнения существовавших 10 региональных пограничных управлений - вместо них будут сформированы региональные управления в 30 пограничных субъектах Российской Федерации. Реформа не затронет лишь Арктическое и Тихоокеанское управления (их расформирование было признано нецелесообразным).
Но еще более существенным изменением в погранслужбу стало то, что осенью 2004 года она отказалась от призыва 6 тысяч военнослужащих срочной службы, а в начале ноября вообще предложила Минобороны перевести в армейские части 2,3 тысяч пограничников, прослуживших более полугода. В 2005 году погранслужба намерена отказаться от призыва уже 10 тысяч солдат, а с 2008 года ее планируется полностью перевести на контракт.