В ходе расследования уголовного дела о геноциде и массовых убийствах граждан России в Южной Осетии в августе 2008 года главное следственное управление СКП РФ получило доказательства того, что грузинские военные совершили ряд других преступлений. На основании этого было принято решение возбудить дело по части 1 статьи 356 ("применение запрещенных средств и методов ведения войны"), части 2 статьи 359 ("наемничество") и части 1 статьи 360 УК РФ ("нападение на лиц и учреждения, которые пользуются международной защитой"). Об этом говорится в заявлении, опубликованном на официальном сайте СКП РФ.
По данным следствия, во время вооруженного конфликта в Южной Осетии грузинские военные использовали против гражданского населения республики тяжелое наступательное вооружение неизбирательного действия, а также запрещенные международными конвенциями кассетные боеприпасы и 500-килограммовые авиационные бомбы. Кроме того, СКП получил доказательства умышленных убийств и похищения мирных жителей, а также неоправданного насилия в отношении военнопленных и незаконно задержанных гражданских лиц.
Помимо этого был установлен факт нападения на российских миротворцев и учреждения, пользующиеся международной защитой. Также следствие получило доказательства того, что во время конфликта на стороне Грузии воевали наемники из националистической организации УНА-УНСО (Украинская национальная ассамблея - Украинская народная самооборона), вербовку и материальное обеспечение которых осуществляло МВД Грузии.
Информация о том, что перечень статей для проведения уголовного преследования может быть расширен, появлялась еще в декабре 2008 года. Тогда председатель СКП РФ Александр Бастрыкин заявил, что Следственный комитет изучает возможность предъявления обвинений по статьям 356, 359 и 360, а также по статье 353 УК РФ ("планирование, подготовка, развязывание или ведение агрессивной войны").
Чуть раньше, в ноябре 2008 года, Бастрыкин рассказал об иностранных наемниках, воевавших на стороне Грузии. По словам главы СКП, вместе с грузинскими военнослужащими в Южную Осетию вторглись наемники из США, Чехии, Турции, Украины и Чечни.
В марте 2009 года руководитель пресс-службы СКП РФ Владимир Маркин заявил, что Следственный комитет получил доказательства использования грузинскими военными кассетных боеприпасов против мирного населения. Он также упомянул, что в ходе работ по разминированию были обезврежены две 500-килограммовые авиационные бомбы. Грузинская сторона заявила, что кассетные бомбы использовались только против российской бронетехники.
Уголовные дела по статьям "убийство" и "геноцид" были возбуждены в августе 2008 года. Позже их объединили в одно дело. В июле 2009 года Александр Бастрыкин объявил о завершении расследования войны в Южной Осетии. СКП установило, что в результате конфликта погибло 162 мирных жителя. Еще 255 человек получили ранения различной степени тяжести. Всего потерпевшими в рамках расследования уголовного дела были признаны 5315 человек.